本期节目，我们请到了来自美国 Life Edit Theraputics Inc.的杨添博士，一起聊一聊在美国 Biotech 的职业发展，CRISPR 基因编辑技术，定向进化技术， 以及遗传病的基因治疗~ 主要内容 02:19 在学术界和工业界中如何选择 04:28 美国 Biotech 的生态与职业发展 11:16 CRISPR 技术的背景介绍 14:03 CRISPR 技术的迭代 18:13 Base editing 的定向进化 25:35 遗传病的基因治疗案例 关键词与相关链接 CRISPR背景介绍 ：https://www.youtube.com/watch?v=7ESZTE6rjLI Classcal CRISPR 与迭代新技术 Classical CRISPR (CRISPR 1.0): Double-strand break * https://ir.editasmedicine.com/news-releases/news-release-details/editas-medicine-announces-strategic-transition-vivo-gene-editing * https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2309915 * https://www.fda.gov/news-events/press-announcements/fda-approves-first-gene-therapies-treat-patients-sickle-cell-disease * https://www.biospace.com/business/crisprs-casgevy-on-the-rise-with-more-gene-therapy-proof-of-concept-to-come-in-2025 * https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2309149 Base Editing (CRISPR 2.0)：https://www.youtube.com/watch?v=B1Bv-UmxugM Prime Editing (CRISPR 3.0)：https://www.youtube.com/watch?v=huDgW0wCi9c Large Insertion, RNA Editing (CRISPR 4.0): *  Tome：https://www.fiercebiotech.com/biotech/young-gene-editing-biotech-explores-strategic-options-investors-pullback *  Tune：https://tunetx.com/tune-therapeutics-presents-first-data-supporting-tune-401-a-first-in-class-epigenetic-silencer-for-hepatitis-b/  遗传病的Base editing治疗案例： https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMoa2504747 10.1038/s41588-025-02172-8 若对播客有任何问题或者投稿，或需要获得文字版音频总结，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

正值高考报志愿的季节，本期节目和来自中国医学科学院肿瘤医院头颈外科的孙宇宁大夫一起聊一聊学医前前后后的心路历程和点点滴滴，希望对正在思考志愿的考生和家庭有所帮助~ 主要内容 01:34 直击灵魂的问题：当年为什么学医 03:24 如果重新来过会如何选择 09:46 缺失的本科教育，是否会有遗憾 15:24 基础医学教育，“基础”和“专科”的矛盾 20:30 医学生找工作，是否看成绩 24:16 医生为什么要做基础科研 29:31 做外科大夫需要哪些天赋 38:00 i人是否适合做外科大夫 41:44 科研需要哪些天赋 46:01 展望未来 若对播客有任何问题或者投稿，或需要获得文字版音频总结，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，和首都医科大学宣武医院的刘芃昊大夫一起聊一聊人工智能技术在神经外科中的应用。 主要内容 01:00 大语言模型在门急诊中的应用 04:23 人工智能在手术技术中的应用 06:00 人工智能在科研中的应用 10:40 脑机接口的研究/应用现状，及与人工智能的结合 若对播客有任何问题或者投稿，或需要获得文字版音频总结，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了上海寻因生物的创始人，微信公众号“基因检测与解读”的主理人，江湖人称“基因游侠”的周在威博士，一起探讨遗传变异解读的坑点与痛点。 主要内容 05:30 参考基因组选择 06:37 假基因的处理 08:26 结构变异与拷贝数变异 12:43 基因-疾病关联的注释与数据库更新 24:10 ACMG guideline 探讨 相关链接 我们应该用哪个reference genome：https://lh3.github.io/2017/11/13/which-human-reference-genome-to-use 全基因组结构变异工具ClinSV：genomemedicine.biomedcentral.com 外显子CNV算法：DECoN DOI: 10.1007/978-1-0716-2293-3_6 基因-表型关联：https://search.clinicalgenome.org/kb/gene-validity?page=1&size=25&search= Multi nucleotide variant：www.nature.com ACMG PM1证据：MCR missense OE doi: 10.1101/2024.04.11.588920 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，跟大家分享一下我上周末于中国科技会堂参加第七届协和母胎医学大会的所见所感~ “高新遗传学检测技术的广泛应用给母胎医学的发展带来了机遇和挑战。自2013年起，由北京协和医院联合多家单位连续承办了六届母胎医学大会，大会通过高水平的学术交流、权威的主题演讲、生动活跃的专家专题辩论等活动，梳理了母胎医学在中国的发展思路和道路，指引行业发展方向，促进国内外学术思想和实践的交融和碰撞，为促进我国母胎医学事业的规范发展起到了积极的促进作用。” 祝协和母胎医学大会越办越好！ 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，跟大家聊一聊我在美国博后期间完成的第一个工作，本周刚刚发表于American Journal of Human Genetics （AJHG）。在此工作中，我们完成了世界首次将RNA-seq转录组测序在临床落地应用于孟德尔遗传病的诊断。 主要内容 00：26 RNA-seq诊断背景介绍 09:55 本工作介绍 相关链接 我的文章链接：10.1016/j.ajhg.2025.02.006 leafcutter：https://doi.org/10.1038/s41588-017-0004-9 outrider: 10.1016/j.ajhg.2018.10.025 fraser：10.1016/j.ajhg.2023.10.014 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以添加微信zhaosen830进入听友交流群，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，与温州医科大学周猛教授团队的焉冬雪一起聊一聊她近期发表于Nature Computational Science的工作“Leveraging pharmacovigilance data to predict population-scale toxicity profiles of checkpoint inhibitor immunotherapy”。本工作应用人工智能模型对肿瘤免疫治疗的公共数据进行挖掘，设计非常巧妙。我们共同探讨了本工作的设计、结果及颇为曲折的审稿过程。 主要内容 02:11 项目设计与构思 03:32 什么是免疫检查点抑制剂 08:31 公共数据获取与算法选择 22:26 应用价值与局限性 24:22 审稿流程 29:44 公共数据挖掘的设计思路与技巧 相关链接 Nature Computational Science文章链接：10.1038/s43588-024-00748-8 Food and Drug Administration Adverse Event Reporting System (FAERS）数据库：https://www.fda.gov/drugs/fdas-adverse-event-reporting-system-faers/fda-adverse-event-reporting-system-faers-public-dashboard 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

由于领域内的青年教师们年终过于繁忙，本期节目还是由我自己给大家进行2024年的医学遗传年度盘点，分享三个这一年领域内的重要突破~ 1. 非编码RNA突变导致孟德尔疾病 RNU4-2基因: 10.1038/s41586-024-07773-7 CHASERR基因: 10.1056/nejmoa2400718 2. 串联重复变异的东山再起 人类串联重复的金标准构建: 10.1038/s41587-024-02225-z 人类串联重复数据库TR-gnomAD: 10.1016/j.cell.2024.03.004 3. 人类单细胞测序图谱 https://www.nature.com/collections/jccbbdahji 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，和上海睿璟生物的CTO石涵博士，一起聊一聊人工智能在医学遗传中的应用。我们讨论了AI agent用于ACMG突变解读的自动化；基因组语言模型应用于突变致病性的预测；以及甲基化分子分型在肿瘤遗传中的应用。 主要内容 03:39 AI agent用于ACMG突变解读 07:25 AI agent的成本控制 12:20 全新的基于贝叶斯推理模型的ACMG框架 16:57 基因组语言模型应用于突变致病性的预测 20:30 甲基化分子分型在肿瘤遗传中的应用 相关链接 ACMG guideline 4.0：https://clinicalgenome.org/tools/clingen-summer-workshop-series-2023/sept-15-2023/ 基因组语言模型： GPN（基因组预训练网络）：https://hub.baai.ac.cn/view/20211 HyenaDNA：https://hazyresearch.stanford.edu/blog/2023-06-29-hyena-dna Evo genetic foundation model：https://arcinstitute.org/tools/evo 脑肿瘤甲基化分子分型模型Sturgeon：10.1038/s41586-023-06615-2 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

朋友们圣诞快乐~ 今天跟大家分享一下我个人的学术年终总结，以及在学术工作过程中的一些小故事和心得体会，希望和大家一起学习，成长，未来能和朋友们在学术和转化方向多多合作~ 其中提到的生信、变成入门学习资料： Introduction to statistical learning：https://www.statlearning.com/ Introduction to python: https://www.edx.org/learn/python/harvard-university-cs50-s-introduction-to-programming-with-python linux入门：www.ehbio.com 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了来自清华大学智能产业研究院的贾寅君，一起聊一聊人工智能（AI）如何助力小分子药物筛选，并学习了他最新的工作DrugCLIP，一个微秒级别的小分子药物虚拟筛选工具。应用DrugCLIP，他们完成了首个基因组级别药物虚拟筛选工程，为药物发现从单靶点时代迈向基因组时代奠定了基础。 主要内容 00:42 寅君弃医从研的心路历程 02:42 清华大学智能产业研究院 03:40 DrugCLIP工作的缘起 05:23 DrugCLIP的主要功能和核心算法 16:47 全基因组级别药物筛选 18:45 大家如何使用DrugCLIP进行药物筛选 24:35 AI+小分子药物筛选的展望 相关链接 预印本论文：Deep contrastive learning enables genome-wide virtual screening https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.02.610777v2 基因组级别虚拟筛选数据库：https://drug-the-whole-genome.yanyanlan.com/ 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ

本期节目，我们请到了来自美国贝勒医学院人类基因组测序中心的郑欣畅博士，一起聊一聊三代测序在基因组结构变异分析中的重要作用，并介绍他们团队最新的工作STIX：结构变异注释工具。 主要内容 01:48 郑欣畅博士在中国科学院北京基因组所的一些工作 06:29 结构变异研究的重要科学问题：如何准确计算人群频率？ 09:25 STIX软件的开发 13:57 使用long-read数据对STIX进行升级 20:14 大家应该如何使用STIX工具注释自己的结构变异 相关链接 国家生物信息中心数据库概览：https://www.cncb.ac.cn/ STIX preprint paper：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.09.30.615931v1 STIX API：https://github.com/zhengxinchang/stix_web_frontend 若对播客有任何问题或者投稿，请联系我 [email protected]，小红书/微博：@撸森森 同时也可以加入听友qq群：975276283，谢谢Thanks♪(･ω･)ﾉ