说起万历，相应的时代名臣则是张居正，他自己如果机器人缺乏了人情味，同时也把神宗万历当成了机器人，要求皇帝按照自己给帝国编写的程序执行命令、推进改革。张居正的土改革首先开刀的就是官僚与土地豪绅勾结所兼并的土地，其次加强落实嘉靖时期的“一条鞭”的税法，将明朝的税收方式彻底改成了货币化方式统一入库。这两项直接得罪的是靠土地兼并、民间商贸代理人组织（党派），敢于得罪这些既得利益者的前提是以张居正为首辅的内阁有了监察的实权。
原先，明朝的内阁本质上只是皇帝的顾问机构，一切行政事务都应交给六部处理(吏 户 礼 兵 刑 工 ），与六部对应的是六科负责监察六部，行使驳斥权，我们熟知的“言官”就是六科的职位。六科常常与都察院 合称“科道官”。相较之下，内阁虽是皇帝的秘书却不能涉足行政上的监察，身为内阁首辅的张居正在改革时感到掣肘，于是扩大内阁权限，使内阁集中了行政和监察的权利，这样内阁不再受言官的束缚，儒家的最后一道防线还是被法家的改革给破了，儒法一体，自孔子和其学生起，一直是儒家史官心知肚明却又避而不谈的话题。张居全力以赴的推行史无前例的财政改革目的是加强皇帝统治，最终却变成了自己的僭越。
万历皇帝从小惧怕张居正，张居正在万历十年去世。此后的日子，神宗像个迷失的逆子，作恶不知恶，一味地追逐欲望，宠信宦官虚度年华。万历25年的1597，正直丰臣秀吉侵犯朝鲜之际，万历宫中的一把大火少了三极宫殿。奉天、华盖、谨身殿，嘉靖时期改名为：皇极殿 中极殿、建极殿。这给本就财政吃紧的明朝雪上加霜。