14-16世纪伴随着明朝统治的200多年里，日本倭寇的形成也分为三个阶段，这三个阶段的性质不同:
第一个阶段是14世纪上半叶，日本国内南北朝走向统一，旧有贵族没落武士阶级兴起，社会暴力气质惯性延伸向外至中国沿海地区。
第二个阶段是16世纪初，日本足利幕府时期，各地庄园主、武士团体争取海上贸易的时候，形成官办与海盗的混合编队。
第三个阶段是16世纪末万历时期，丰臣秀吉统治时期，为遏制其他庄园主武装势力，他在日本国内实行闭关锁国。日本国内趋于稳定，被打压的武装势力成为闲散人员不得不逃往海上，成为海贼。海贼起初是防止海狼侵害而出现的保镖团体，他们收取一定的报酬而护送商船，同时也顺道做一些贸易、抢夺一些落单船只。他们同海军也有一定的代理联系与政治勾连，渐渐成为不可忽视的力量。动画片《海贼王》就是依托这样的历史背景。
随着日本国内政治稳定之后，海贼的生存利益不得不向外行动，一部分与政治保护较少的海贼群体，缺乏生存能力从而依附于中国的海上自由商贸团体。这部分人员壮大后逐形成倭寇。
明成祖永乐大帝通过对北方游牧部落的征服，来强化自己皇权和合法性。从10世纪开始华夏被游牧政权压制的屈辱，随着永乐的北征而消散，此番壮举也是吴越地区政权空前绝后的。瓦剌部族算是森林之民，刚从狩猎进入畜牧生活，与之对立的部落是鞑靼人(属西北蒙古的一支)，借着靖难之役时，这两部落都有一定的壮大成为明朝北部最大的防患。
其实在朱元璋的时候，其智囊刘伯温曾说过：东夷和北胡不一样，虽不是心腹之患，但就像蚊牤一样心烦。朱元璋在临终前也颁布了祖训，指出了15个不可随意征讨之国，日本也在其中。洪武之后到永乐，华夏内部陷入了政治恐怖的内耗——秘密的警察机构东厂成为监视儒家官僚的正当机构，这也给了日本喘息的机会。
从永乐—仁宗—宣总—英宗，这四位皇帝都是通过对北方游牧部落的压制来弱化靖难之役的污点。直到英总被俘，皇帝与儒家官僚之间的内耗材得以缓解。朱元璋之初建立的禁欲农本经济方式使得社会发展迟缓，将近100年后，英总时期被太祖打压的银本位货币又逐渐登场了，让南方儒家官僚有钱赚也标志着英宗复位后的成熟和让步。