武宗之后是其堂弟世宗嘉靖登基，世宗是一个顽固的人，也可以说是皇帝的位置更加强化了他的顽固，为了赢得话语权并立威，他登基后为自己生父追封皇父并称孝宗为皇伯父，这在儒家官僚看来是违反礼法的。类似的事情在宋仁宗到宋英宗时期发生过一次，那一次也是皇帝和儒家的硬刚。这件事情，使得懂得向上管理的官僚得到了升迁的机会，而固守儒家制度的人则被皇权视为异类，被排除在外了。在此之后，明朝特有的派阀之争彻底浮出水面。而嘉靖成了下棋之人。管人心，最终不外乎创建对立关系，自己成为下棋人。但这种管理是零和博弈，很难持久。通过建立对立，嘉靖暂时稳住了内忧，但是北方和南方的外患又陆续而来。
在北边，鞑靼部落诞生了黄金家族出身的英雄达延汗 统一了漠南蒙古，后来又诞生了更为雄武的英雄 俺达汗。1550年 俺达汗部队包围背景，以此向北京索取和平款项。
东南沿海的倭寇滋扰不断，嘉靖修仙花费繁多，每一项都需要经济支持，眼贴专卖已经不足维持，于是皇帝的代理宦官、户部、内阁一同把目光放在苏州的丝绸生意上，就是我们熟悉的电视剧《大明王朝1566》的剧情，这部剧非常还原历史。
整个明朝政府对于日本充满了不信任与厌恶，倭寇在沿海的暴行被认为是市舶司处理不当引起的，在1529年，嘉靖8年废止了市舶司太监，官方封锁贸易，但这种封闭的环境反而加大了走私，日本海商更是肆无忌惮的从中国直接走私进入日本庄园主的港口。原本依靠海上贸易的中国船夫和日本的浪人组织不断被迫壮大。日本走私的缓解要等到1584年丰臣秀吉统一日本的时候了。
在此之前，“倭寇”的定义已经不仅是日本浪人，还包括失去贸易资格的中国海民。他们逐渐发展成利益捆绑阶层性质的社会化组织，当这些人一致行动的时候就有军队的性质，中国海盗汪直实则是倭寇的头子。明朝招安了汪直后却推翻了承诺处死了他，对海盗组织和战斗力的低估，引发了嘉靖年间戚继光、胡宗宪的抗倭事件。“善战者无赫赫战功”，显然嘉靖是不合格的领袖。1567年，隆庆登基，明对周边民族的方针也转为缓和，并且适度放开了海禁。国人可以从福建的漳州出海做贸易。
穆宗隆庆在位5年，去世时由冯保代皇帝布了遗照，年仅十岁的太子朱翊yi钧登基，这就是日后的万历皇帝。