元朝虽然是横跨欧亚的帝国，但不能算是皇帝制度，而更像是元老院的贵族制度，元朝有丞相，其地位尊贵。而朱元璋一开国就废除了丞相，他深知此职位可能成为君王代理过程的利害。这应该也和他自己做过龙凤朝廷的丞相有关。朱元璋最终实现了王安石的理念，当着皇帝的同时操着丞相的心。这样的做法在整个明朝带来的问题是，明朝皇帝 公务繁忙，不是每个皇帝都醉心承担皇帝义务的，有的皇帝会厌倦工作，而最终的裁判员是皇帝，所以官僚之间会互相推责；皇帝当裁判员偏袒了又怕被言官指责，所以就导致后期有些话要靠宦官表达，宦官成为皇帝和儒家官僚之间的缓冲区，矛盾大到一定程度，拿宦官祭旗，再换一个就是。
军制上：蒙古是军民一体，明朝是军籍和民籍分开的，军籍是世袭的属于中枢，军户不能做文官。但是明朝为了防止刚建立时的脆弱，故而学习汉朝保留了同姓藩王的制度，藩王可以招募私兵，在特殊时候勤王保护皇帝。朱元璋以为只要制度写的足够好，后代们自会照做。要说有没有人提醒他？我想肯定是有的。只是考虑到眼下建国之初国防需求和对内稳定需求的利大于弊。
行省三司（军政、监察、行政）为了减少冗官
行政方面：明朝在地方的军政机关是都指挥使司——都司（一人正二品）。负责管理卫所、千户所和百户所等军事组织，统辖卫所军户，负责军事防御与屯田。全国共设有16个都司和5个行都司‌。
监察机关叫提刑按察使司——按察司 起源于元朝 肃政廉访使司。作为中央监察机关都察院在地方的分支机构，对地方官员行使监察权‌。这也是行省制度的一大特色，所谓的行省的省长是临时派驻地方的中央政府。
承宣布政使司是地方行政机关，负责民政、财政、户籍、赋役、科举等事务。布政使司设左右布政使各一人（从二品），掌管一省的民政和财政事务。布政使司与按察司、都司合称为“三司”，互不统属。
税收制度方面：
元朝的行省制度带来了类似于西方的包税制，承包收税的人往往是放弃了道德和修身追求的酷吏，他们往往黑白通吃，给中原带来了恶劣的税收制度。这些人包税人不敢欺惹王族、重臣、寺庙 因为这些团体都有免税的特权。再叠加金银利差的掠夺，底层人民成为待宰的羔羊。
朱元璋在开国时 重农抑商 把国家财政的大宗定为 田税而且是实物税，为了限制银和铜等金融工具的使用，最大限度的限制资本。
可想元末明初的时候，社会苦于金融工具和利息很久了。以实物交易就是劳动的世界，彻底的自给自足同时民间“片板不入海”的禁令，一世农业国家以农业立国之本，二是防止海上走私带来的金属交易。打开国门意味着编户齐名不受管制，这是朱家不可容忍的。更何况13-14世界的阿拉伯人和犹太人用资金在华夏的土地上暗中较劲。在中国的历史上，统治者一直在寻求着 官僚资本与民生的平衡点。
“里甲制”的纳税组织结构：110户家庭是一个里，从中选出税额和壮丁数量最多的10户做里长，其余100户分为10组，组被称作甲，负责人是甲首，里长甲首的日子不好过，收不上的时候自己补齐。所以能被推选的出来的，起初也都是有点家底的人。可是这批人赶上连年灾荒的时候，就会容易返贫。所以明朝初年的这些税收制度，在社会层面抑制了创新，宋朝积累的精神的开放，元朝积累的市场的开放，在明朝一切归零。可以说华夏文明，从14世纪开始动力减弱，内耗和内部阻力变大。