《蜘蛛侠：英雄无归》的故事紧接着上一部《蜘蛛侠：英雄远征》，神秘客爆出蜘蛛侠的真实身份是“彼得·帕克”，并诬陷是彼得·帕克杀了他。这引来很多不明真相的群众对彼得· 帕克进行谴责和谩骂，他的生活被彻底打乱，还给他的朋友们也带来的极大的危险。于是彼得·帕克来到了贝克街221B号，找到奇异博士卷福，想要逆转时间让人忘记他是蜘蛛侠这件事。但是在博士的操作下，不小心打开了多元宇宙的大门，他们破坏了时空的稳定性，导致把多元宇宙中认识彼得·帕克的人带到了这个宇宙。